João Paulo II sofreu um atentado na tarde de 13 de maio de 1981, em plena Praça de São Pedro, no Vaticano, durante audiência pública realizada sempre às quartas. O turco Mehemed Ali Agca disparou três vezes uma pistola Browning de nove milímetros a menos de sete metros de distância, ferindo gravemente o estômago, a mão esquerda e o cotovelo do pontífice. Uma multidão de 10 mil fiéis presenciou o fato, incluindo Sara Bartoli, que na época era a criança que estava nos braços do sumo sacerdote no momento do atentado.
O Papa perdeu muito sangue e chegou ao hospital Gemelli quase inconsciente. João Paulo II foi submetido a uma cirurgia de mais de cinco horas para retirar parte do intestino.
O autor do atentado disse à polícia que teve dificuldades para mirar em João Paulo II porque ele segurava uma criança. Sara ficou conhecida como o bebê de 18 meses que salvou o Papa da morte. Hoje, com 26 anos, ela pensa justamente o contrário. Grávida de 9 meses, ela acredita que foi o pontífice que a salvou da morte.
Durante todo o tempo que ficou internado, milhares de pessoas fizeram vigília na Praça São Pedro. Houve comoção de líderes políticos de todo o mundo manifestando repúdio ao atentado, que seria um protesto contra o imperialismo da Rússia e dos Estados Unidos e genocídios em El Salvador e no Afeganistão. No entanto, o caso nunca foi devidamente esclarecido. O jovem extremista de ultradireita Mehmet Ali Agca foi condenado à prisão perpétua.
Em 1982, ao visitar o santuário mariano de Nossa Senhora de Fátima, em Portugal, João Paulo II deixou uma das balas que o atingiu na coroa da Virgem. O manto que vestia no dia do atentado foi depositado em um templo da Virgem Maria, em Chestocova, Polônia, em 1983.
O atentado abalou a saúde do Papa para sempre. Em 1992, ele foi submetido a uma cirurgia para extrair um tumor no intestino. Um ano depois, deslocou o ombro ao cair de uma escada. Em 1994, sofreu uma nova queda, no banheiro, e teve que receber uma prótese no fêmur. O mal de Parkinson exigiu que o Papa passasse a tomar uma série de medicamentos. Em fevereiro de 2005, João Paulo II sofreu duas internações de urgência. A primeira, devido a uma crise respiratória, e a segunda, para ser submetido a uma traqueostomia. Em 2 de abril de 2005, João Paulo II morreu.
Já preso e passados dois anos do atentado,
o Papa visitou o turco na cadeia de Ancona, na região central da Itália. O
pontífice perdoou Agca. No ano de 2000, o extremista ganhou a anistia da
Justiça italiana. Ele foi extraditado para a Turquia, onde cumpre pena pelo
assassinato do jornalista Abdi Ipecki, em 1978.